Sejarah berdirinya Pura Andakasa tidak begitu jelas memang. Namun keberadaan Pura Andakasa disebutkan dalam berbagai peninggalan tulisan kuno seperti daun lontar dan peninggalan purbakala.

Dari peninggalan tersebut, diperkirakan pura ini didirikan sekitar abad XI oleh Mpu Kuturan. Selain itu Pura Andakasa diperkirakan memiliki kaitan dengan pemuka agama Hindu yaitu Sang Kulputih, yang pernah bertapa di tempat ini sebelum menuju Lempuyang dan Besakih. Dan berdasarkan observasi pada area-area di pura ini dapat diduga pura ini mengalami perkembangan dan perbaikan sekitar abad 17 – 18 Masehi.

Sebuah prasasti terdapat di Pura Panyimpenan Pura Luhur Andakasa, namun tidak tertulis pada prasasti itu keberadaan pura ini. Seperti dikemukakan dalam berbagai lontar, Pura Luhur Andakasa berstatus sebagai salah satu Kahyangan Jagat, juga Sad Kahyangan yang berarti menjadi sungsungan seluruh umat Hindu di Bali khususnya, umumnya di Indonesia. Sebagai Kahyangan Jagat, Pura Luhur Andakasa merupakan stana dari Hyang Tugu atau Dewa Brahma yang menguasai kawasan selatan dalam struktur Dewata Nawasanga, manifestasi Hyang Widhi yang menghuni 9 arah mata angin.