Berdirinya Pura Besakih yang terletak di lereng Gunung Agung, desa Besakih, Kecamatan Rendang, Kab.Karangasem ini, berawal dari perjalanan dari Rsi Markandeya, seorang yogi atau pendeta Hindu Siwa Tatwa yang berasal dari tanah India Selatan. Beliau menginjakkan kaki pertama kali di bumi Nusantara ini pada awal abad ke 8 Masehi di Gunung Dieng yang termasuk juga kerajaan Mataram Kuno dengan raja Wangsa Sanjaya. Sebagai seorang pertapa, beliau melakukan tapa brata di kawasan ini, namun demikian banyak mahluk halus mengganggu pertapaan sang rsi, untuk itulah beliau pergi dan beranjak menuju ke arah Timur dan sampailah di lereng Gunung Raung.

Di gunung Raung inilah beliau bertapa lagi, disinilah beliau mendapatkan wahyu berupa suara gaib dan berkas sinar terang yang tampak di arah Timur. Dari sini tampak deretan pegunungan berjejer memanjang dari Barat ke Timur. Pulau sebelah Timur Jawa ini yang kita kenal sekarang dengan pulau Bali terlihat memanjang, sebagian pelaut mengira bahwa pulau tersebut panjangnya sampai dan menyatu ke Nusa Tenggara, begitu juga dalam Markendeya Purana, pulau tersebut dikenal sebagai Nusa Dawa (pulau panjang). Ke pulau Dawa inilah beliau mendapat wangsit untuk merambah hutan, yang nantinya akan dibagi kepada pengikutnya.

Sesuai wahyu yang didengar dan dilihat, Rsi Markandeya datang ke Bali dengan menyebrangi Segara Rupek (selat Bali), sang Rsi diiringi oleh 400 orang pengikut (ada menyebut 8000 orang), perjalanan langsung menuju ke arah gunung Toh Langkir (sekarang gunung Agung), sampai di lereng gunung yang masih hutan belantara, sang Rsi dan pengikutnya mulai membabat hutan untuk membuka lahan sebagai areal pertanian. Namun misi beliau gagal karena banyak pengikutnya yang meninggal karena sakit, kejadian misterius dan dimangsa binatang buas. Sebagai seorang yogi dan pertapa, beliau mengetahui bahwa ada kekuatan atau aura misterius yang menguasai pulau tersebut.

Kemudian Rsi Markandeya kembali lagi ke gunung Raung untuk melakukan tapa dan minta petunjuk kepada sang Pencipta, maka didapatkanlah wangsit untuk melakukan upacara yadnya sebelum merambah hutan di lereng gunung pulau Dawa tersebut. Kemudian Rsi Markandeya kembali lagi ke pulau Dawa untuk merambah hutan dengan membawa pengikut 400 orang berasal dari desa Aga yang merupakan penduduk kaki gunung Raung.

Namun sebelum memulai pekerjaan, beliau melakukan upacara ritual seperti mecaru dan menanam 5 unsur logam atau panca Datu diantaranya emas, perak, tembaga, perunggu, besi, dan disertai dengan Mirah Adi (permata utama), agar mereka selamat dalam melakukan pekerjaan merambah hutan di lereng Gunung Agung. Dan ternyata dalam melakukan pekerjaan merambah hutan tersebut tidak ada bencana lagi. Mungkin ini dasar umat Hindu saat ini, selalu melakukan upacara yadnya sebelum membuka lahan baru baik itu untuk rumah, sawah ataupun tegalan, dan untuk pura menanam lima unsur logam Panca Datu.

Setelah dianggap cukup, perambahan hutan selesai, tanah dibagikan kepada pengikutnya baik itu untuk sawah, tegalan untupun rumah. Pada saat Rsi Markandeya berada di ketinggian gunung Toh Langkir tersebut, beliau menyadari bahwa pulau Dawa tersebut tidaklah sepanjang yang diperkirakan sebelumnya, kemudian menggantinya dengan nama “Bali” berasal dari kata “wali” (bahasa Palawa dari India Selatan) yang berarti persembahan suci, selanjutnya pada masa kini persembahan atau upacara suci tersebut dikenal dalam bentuk banten yang dibawa warga umat ke pura saat melakukan persembahyangan.

Selanjutnya kawasan Toh Langkir ini dikembangkan, dan diberi nama Besuki, kemudian menjadi Besakih yang artinya selamat. Sedangkan tempat Rsi Markandeya melakukan upacara persembahan dan menanam 5 elemen logam (Panca Datu) dikenal dengan nama Pura Besakih. Awalnya dari sebuah pelinggih kemudian didirikan pura bernama Besukian, kemudian pura tersebut terus berkembang, pembangunan dilakukan secara bertahap, sehingga menjadi komplek pura terbesar yang sekarang dikenal dengan nama Pura Besakih.

Jadi bisa diketahui sejarah Pura Besakih berkaitan dengan kedatangan Rsi Markandeya ke Bali dan bisa disimpulkan bahwa Besakih menjadi tempat pertama leluhur orang-orang di Bali menginjakkan kakinya di pulau Bali, sehingga pura Besakih merupakan salah satu pura tua dan kuno di pulau Bali.