Menurut penuturan singkat dari penglingsir Desa Cemagi, pada zaman dahulu dikisahkan pada masa sebelum Kerajaan Mengwi ada. Pada awalnya dari perjalanan seorang pengembara sakti yang berasal dari Bali Barat, yang disebut Gilimanuk sekarang,

menyusuri pantai selatan Bali ketimur sehingga pengembara sampai didaerah pesisir pantai Semenur. Dimana Semenur tempat yang sangat angker penuh dengan bebatuan dan dikelilingi hutan yang sangat lebat. Sang pengembara nafasnya sampai terengah – engah, kemudian beliau menggelar japa mantra sehingga beliau menamakan tempat tersebut Batu Ngaos dan sekarang menjadi Pura Gede Luhur Batu Ngaus.

Sang pengembara kemudian mendirikan sebuah desa dan menetap/meneng di hutan tersebut yang sekarang menjadi sebuah dusun atau banjar Mengening (asal kata Mengening adalah Meneng/tinggal). Setelah beberapa lama menetap kemudian beliau melanjutkan perjalanannya ke utara, dimana tempat tersebut dipenuhi oleh hutan Celagi (pohon asem) dan beliau menyebut tempat tersebut Desa Sagi (Menyuguhkan).

Dan lama kelamaan setelah tempat tersebut berkembang masyarakatnya menyebut Cemagi dan sampai sekerang menjadi “ Desa Cemagi “. Pada tahun 1950an Desa Cemagi merupakan Desa Dinas yang dipimpin oleh Kepala Desa/Perbekel, kemudian pada tahun 1960an, Desa Cemagi bergabung menjadi satu desa dinas dengan Desa Munggu yang mewilayahi 25 ( Dua Puluh Lima ) Banjar Dinas. Pada Tahun 1997 Desa Munggu dimekarkan menjadi 2 ( Dua ) Desa yaitu Desa Munggu dan Desa Cemagi.

Desa Cemagi secara sah ( difinitif ) menyelanggarakan pemerintahannya pada tanggal 27 Juli 1999 yang ber SK oleh Bapak Gubernur Bali pada waktu Dewa Berata. Kepala Desa Cemagi yang pertama bernama Dewa Putu Gede menjabat dari Tahun 2000 s/d 2008.