Awal mulanya Rsi Markandeya pendiri dari Pura ini, bertapa di Gunung Hyang (Gunung Dieng di Jawa Tengah). Setelah lama bertapa Rsi Markandeya mendapat wahyu untuk merambas hutan di Pulau Dawa dari selatan menuju ke utara.

Ditempat perambasan hutan, Rsi Markandeya menanam kendi yang berisikan logam dan air suci. Logam tersebut antara lain logam emas, logam perak, logam tembaga, logam besi dan logam perunggu. Kelima logam tersebut dimasyarakat Bali disebut dengan mama Pancadatu.

Selain logam juga turut serta ditanam permata yang disebut Mirahadi yang artinya mirah utama. Tempat penanaman kendi inilah yang disebut dengan nama Basuki yang artinya selamat. Diberikan nama Basuki atau selamat dikarenakan dalam perambasan hutan para pengikut dari Rsi Markandeya selamat melaksanakan tugasnya. Dengan berjalanyan waktu nama Basuki berubah menjadi Besakih.