Di balik kesederhanaan arsitekturnya, bangunan Tirta Empul sarat dengan kekayaan fungsi. Setiap bangunan di dalamnya memiliki fungsi yang jelas. Pathirtaan-nya yang konon memiliki kekuatan magis dan berkhasiat pun terbagi menjadi beberapa bagian dan masing-masing memiliki fungsi tersendiri.

Pathirtaan yang ada di Tirta Empul tidak hanya berfungsi sebagai penyembuh penyakit yang bersifat keduniawian, tetapi juga melingkupi aspek relijius, sebagai media penyucian diri, ruwatan atau dalam bahasa Bali disebut ngelukat, disamping itu air suci Tirta Empul yang konon nilai kesuciannya dianggap setara dengan air sungai Gangga di India itu pun seringkali dipakai untuk upacara-upacara keagamaan umat Hindu, termasuk upacara kematian.

Secara umum, bangunan suci ini memiliki konsep ramah lingkungan, karena memiliki sanitasi serta sirkulasi air alami yang sangat baik. Tirta Empul yang secara administratif terletak di desa Manukaya kecamatan Tampaksiring kabupaten Gianyar ini pun secara tidak langsung menjadi sumber penghidupan masyarakat agraris setempat, karena mata air di pura tersebut menjadi sumber air bagi subak-subak yang mengairi persawahan di sekitar Tirta Empul.